1、因为资金有限，准备找那种代理注册公司的公司注册，那样递交的公司章程上的出资额、股份和实际出资额、股份等必然不符合，一旦发生法律或其他问题怎么处理？另外私下订立的协议等有效吗？

目前70%的有限公司都是这样做出来的，所以你尽可放心，国家在这块应该放开，向国外学习，提倡民众创业，不要限制过死，其实你们这样创业完全是可行的，但是按正规去做，很多象您这样的情况就无法创办公司。
虚假注册公司后你们自己内部要有明确的股权分划，比如表面上100万的公司，你们实际只有20万，那么在这20万里面你们可以分清股权比例和分配方法，至于跟执照章程上的数额差距可以不理，财务做帐时会处理为其他应收款，这样公司对外是100万的公司，内部按20万的公司来处理即可。为防止将来的纠纷，内部可以签一个实际投资确认协议，或者在帐面由每个股东按自己的比例向公司借款，将未出足的资本金借款的形式反映出来，这样公司的资产负债表是平衡的。

2、股东股权的变更以什么为依据？需要到工商所登记吗？如果注册公司的合伙者转让股权给别人退出，至少需要什么手续才算干净？

股权变更自然要去工商局办理，很简单，让受双方签一个转让协议，价格随便写，实际转让价格自己内部商定，完全可以跟给工商部门看的不同。很快就可以办好。

3、当需要增加投资时，当前公司的价值怎样计算（主要是无形资产）？

需要增加投资，在刚才的基础上财务会核算公司的经营成果和净资产，按报表看公司的价值是清楚的，但是无形资产价值是欲增加进来的股东与原来股东商量评估的结果，别人不认可，你的无形资产最高也没有用，一般公司自己可以做一个内部评估，或者请专业评估公司做，购买股权和增加投资的股东会以自己的方法作出评判和决定，落实到投资协议上的投资就是真正的无形资产的现实价值。